Даже если у контрагента на НПД есть место работы по трудовому договору, НДФЛ с выплат ему удерживать не нужно.
ФНС
Таким образом, компании не нужно выяснять наличие у исполнителей на НПД другие источники доходов, так как на налоговых обязанностях компании это не скажется.
Зарегистрироваться в качестве плательщика НПД можно через портал госуслуг.