Восстанавливать НДС на момент зачёта предоплаты по расторгнутому договору покупателю не нужно.
Покупатель по договору принял к вычету НДС с предоплаты, но затем договор расторгли. Минфин
Скорее всего, это придётся сделать в периоде, когда компания примет к вычету входной НДС по отгруженному товару по договору, в счёт которого зачли предоплату. Такой же порядок применяется и к договорам на выполнение работ, оказание услуг и передачу имущественных прав.
Ранее разъяснялось, когда нужно восстановить НДС с аванса.