При наличии у работника рабочих в основном офисе и в ОП НДФЛ нужно уплачивать по каждому из них по отдельности
Минфин
Если один сотрудник выполняет работу и в главном офисе, и в «обособке», НДФЛ с его доходов уплачивается пропорционально отработанному им времени на каждом рабочем месте. Доходы и соответствующие им суммы НДФЛ распределяются по табелю учёта рабочего времени и по справкам о местонахождении сотрудника за расчётный период.
Ранее разъяснялось, как ИП на УСН определить доход для уплаты страховых взносов.