В расчёт пропорции для целей ведения раздельного учёта НДС при передаче имущества в уставный капитал нужно включить стоимость имущества, по которой оно передается.
При осуществлении операций, необлагаемых НДС, в том числе при передаче имущества в уставный капитал, налогоплательщик должен вести раздельный учет. Т.е. входной НДС, относящийся к облагаемым и необлагаемым операциям необходимо поделить пропорционально стоимости отгруженных товаров, работ, услуг (часть принять к вычету, а часть учесть в стоимости приобретений).
Финансовое ведомство в письме от 26.10.2016 N 03-07-11/62251 разъяснило, что в расчет пропорции для целей ведения раздельного учета НДС при передаче имущества в уставный капитал хозяйственного общества нужно включить стоимость имущества, по которой оно передается.