Включить надбавку в расчет аванса за первую половину месяца можно перейдя в карточку начисления (раздел «Настройки» - «Начисления» - открываете нужное Вам начисление). На закладке «Основное» должно стоять «Назначение начисления» - «Ежемесячно» (рис.1), тогда станет доступна галочка «Начисляется при расчете первой половины месяца» (рис.2). Далее записываете и закрываете начисление.
После устанавливаете сотрудникам надбавку, через документ «Кадровый перевод», либо если надбавка к должности, то через документ «Изменение штатного расписания» и после «Кадровый перевод».