Почему больничный лист, начисленный в июне, а выплаченный в июле, не попадает в первый раздел 6-НДФЛ за 1-полугодие в стр. 020, и НДФЛ по нему - в стр. 040, в программе в 1С:Зарплате и управление персоналом ред. 3.1?

Начиная с версии 3.1.4, это правильное поведение программы  Зарплата и управление персоналом ред. 3.1. Теперь вместо месяца начисления дохода учитывается дата выплаты (получения) дохода.  Дата получения дохода определяется датой выплаты для следующих категорий: «Прочие доходы от трудовой деятельности»,  «Дивиденды», «Прочие доходы».  Таким образом, начисление по больничному листу  за июнь, выплаченное в июле, попадает в первый раздел отчета 6-НДФЛ  за 9 месяцев.