В программе 1С:Зарплата и управление персоналом ред. 3.1 есть возможность изменить фамилию сотрудника, через историю изменения в личной карточке сотрудника.
В разделе «Кадры» - «Сотрудники» - открыть карточку сотрудника – перейти по ссылке «История ФИО» – Добавить – ввести новые данные – Ок.