Какие необходимо сделать настройки, чтобы при начислении дохода в натуральной форме сумма НДФЛ автоматически удерживалась при выплате отпускных или премии в программе 1С:Зарплата и управление персоналом ред. 3.1?

В типовых способах выплаты «Отпуска» и «Премии» стоят настройки «Способ получения: отдельный расчет». Это означает, что в выплату попадают только доход и НДФЛ с него по отдельным документам.
Для того, чтобы сумма НДФЛ с натурального дохода тоже попадала в ведомость, необходимо в разделе «Настройка» – «Предприятие» -  «Способы выплаты зарплаты» в соответствующем способе поставить флажок «Окончательный расчет НДФЛ».