Необходимо отсторнировать ошибочный документ поступления и счет-фактуру,для этого заходим в раздел Операции - Операции, введенные вручную - Создать - Сторно документа. Выбрать сторнируемый документ Поступления, провести его. Далее, Операции - Отражение НДС к вычету (в настройках поставить все флажки, выбрать документ расчета). Заполнить вкладку Товары и услуги с минусовой суммой, провести его. Сформировать Книгу покупок, в настройках установить флажки на "Формирование доп. листа", "За текущий период" и, по необходимости, "Выводить доп. листы". В итоге, должна отразиться сумма с минусом.
