Если образовательное учреждение проводит спортивное мероприятие для населения по договору с юрлицом, НДС от стоимости этих услуг платить не нужно.
Минфин
Ранее финансисты и налоговики уже высказывали подобное мнение, но с оговоркой, что от налога освобождаются только организация и проведение спортивных и физкультурных мероприятий, названных таковыми в Общероссийском классификаторе услуг населению ОК 002-93.
В 2017 году классификатор перестал действовать, а в ОКВЭД2 не содержится услуг физической культуры и спорта. Скорее всего, от НДС сейчас освобождены услуги, относящиеся к физкультуре и физкультурным мероприятиям.
Ранее сообщалось, что выделенный в счёте-фактуре НДС по необлагаемым операциям можно принять к вычету.